《明朝那些事》这部小说被许多读者奉为“史书”，而提到《明史》，他们就会高声反驳：“那是清朝篡改的，明朝在它里头简直就没好词可说。”然而，当人们意识到这本书的作者并非真正的学者时，他们会搬出一位权威学者的名字：毛佩奇。他们认为一切关于明朝的伟大和光荣都是他说的。然而，这些人并不了解，正是因为毛佩琦在他的《百家讲坛》中多次指出了《明史》的错误，而这些错误才使得他不能上电视，以免误导观众。
比如，在一次讲座中，毛佩琦谈到了朱元璋如何通过重刑来治理国家，他错误地提到，“明朝的官员考核由吏部和督察院负责”。这是一个历史事实上的错误。
此外，一些与朱元璋相关的事实也被权威专家指出了其不准确性。例如，在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦写道帖木儿国在洪武年间向 明 朝纳贡。但实际上，“洪武”是朱元璋唯一使用的一年号。在洪武之前，大明王朝还未建立，因此帖木儿国怎么能向 明廷纳贡呢？作为一名专门研究 明史 的学者，他竟然会犯下这样的错误。
相反，对于历来最受诟病的隋炀帝杨广来说，即便他的疏通大运河将黄河长江流域两大经济区连结起来，最终使中华民族形成了牢不可破的大同体，这一点也是值得称赞的地方。而且，不论毛教授如何评价老百姓血流成河的事情，我们都应该持有批判性的态度。
此外，毛教授在演讲中的许多史料方面的问题都暴露无遗，比如他曾经说中国疆域“空前广阔”，但翻阅历史资料后发现，并不是这样。这段时间内中国版图经历了几个不同的发展阶段，从秦王朝统一三万五千里的土地开始，再经过西汉开拓20万平方公里、唐代开辟云贵高原33万平方公里，以及宋代恢复到3000万平方公里，然后再减少至3500万平方公里，最终达到1300.6万平方公里。在这个过程中，有一些地区虽然荒凉，但总体上中国版图之所以比现在要大，是因为包括了很多不适宜居住的人口所在地。
