国本之争的深远影响与去故宫的禁忌
国本之争对万历时期产生了深远的影响，首先是皇权事实上下降。明神宗不理朝政，以至于最后对内阁、地方官员缺官现象视而不见，给晚明正常运行造成极大的破坏。他大兴敛财之道，派用的矿监、税监为害百姓，以致激起民变。
其次，国本之争使得明末形成了党争重要原因之一。明神宗对于储位模糊态度，使得官场乃至地方的人妄加揣测，政局混乱出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派明争暗斗后东林党又与阉党斗争，为一己私利不惜牺牲国家大义，使得晚明政局混乱不堪，更成为明末三大案诱因，这种局面自然使得政府行政效率下降。
再次，明神宗希望大权独揽，而放任缺官不补，使内阁势力被削弱；他近三十年长居深宫，不理朝政，司礼监在这种特殊情况下地位自然会有所上升；因对郑贵妃宠爱，此时外戚实力也发展，而且出现内监以郑贵妃为内主现象。
皇帝怠政昏晕，廷臣党争攻讦，政府机构涣散，此时言官因对朝政不满争相上疏抨击时政，其实力得到提高；地方仕途不再衡量人生价值唯一标准，有“山人”群体之后又有东林书院文人关注时政，最终有东林党之称。万历末年的民变乃至最后后金兴起，又代表地方势力的崛起。
在朝臣和神宗长达数十年的斗争过程中言官这一力量以群体性行动维护正统皇位继承原则稳定统治秩序制衡皇权弘扬官僚正气方面发挥极为重要作用。在一定程度上加剧了党爭形成甚至加速了灭亡，是晚清最具影响事件之一。
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