国本之争的深远影响，首先体现在皇权事实上下降。明神宗不理朝政，以至于对内阁、地方官员缺官现象视而不见，极大破坏了晚明正常运行，敛财之道派用的矿监、税监为害百姓，激起民变。其次，这场争议是形成党争重要原因之一。明神宗对于储位模糊态度，使得官场乃至地方人士妄加揣测，政局混乱出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派明争暗斗，为一己私利牺牲国家大义，使晚明政局混乱不堪，更是成为明末三大案诱因。这导致政府行政效率下降。
再次，希望独揽大权却又放任缺官，不补弱化内阁势力；长居深宫不理朝政下的司礼监地位自然上升；对郑贵妃宠爱外戚实力发展，对内主现象产生影响。皇帝怠政昏晕廷臣党争攻讦政府机构涣散言官抨击时政实力提高；仕途非衡量人生价值唯一标准“山人”群体出现东林书院文人关注时政最后有东林党称号。
在数十年的斗争过程中言官以群体性行动维护正统皇位继承原则稳定统治秩序制衡皇权弘扬官僚正气发挥重要作用。“国本之争”，决定了万历以后明朝走向成为晚明三大案诱因在一定程度上加剧了党争，加速了灭亡，是最具影响事件之一。
关于国本之争历史研究者观点分歧，有些依然站在万历一朝臣僚一边，对郑皇贵妃评价未给予公正。在这个主题上还有众多研究者，其观点依然站立于万历一朝臣僚这边似乎郑皇贵妃天生该安分守己做任人宰割的妃嫔，而不应有做皇后的非分之想；万历皇帝天生该和王恭妃恩恩爱爱，不应有真正的爱情。这类论断出于一种僵化保守思想驱使，无疑失公允弄得难以辨认的历史再蒙上了一层难以辨认的锈迹。
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