国本之争的深远影响：明朝第17位帝王是谁？社会中的国本之争对万历时期产生了极为显著的后果，首先是导致皇权事实上大幅度下降。明神宗不理朝政，长时间沉浸在个人生活中，对于内阁、地方官员缺乏有效管理，使得晚明政局陷入混乱。此外，他还实施了大量敛财政策，如派遣矿监和税监，这些措施严重损害了百姓利益，并激发了一系列民变。
其次，国本之争直接导致了明末形成党争的一个重要因素。由于明神宗对于储位未有清晰的态度，官场及地方各界人士开始猜测和揣摩政治局势，从而造成政局更加混乱。在这种情况下，出现了宣、昆、齐、楚、浙五党和东林两大派之间的激烈斗争，这种情况不仅削弱了政府的行政效率，还成为后来的三大案爆发的一系列原因之一。
再者，由于明神宗希望掌握绝对权力，同时又放任缺官现象未被解决，这实际上削弱了内阁势力；他长时间居住在深宫中，不理朝政，加速司礼监的地位提升；同时，由于对郑贵妃过分宠爱，使得外戚势力得到加强，即使出现内监以郑贵妃为主导的情况。
随着皇帝怠政与廷臣间不断的攻讦与斗争，以及政府机构逐渐涣散，一方面言官因为对时局不满，上疏抨击时政，他们的声音也因此得到提高；另一方面，在仕途以外寻求价值观念的人群崛起，其中包括“山人”这一群体，并最终发展成东林书院等文人的聚集地。这一阶段，最终演化出东林党，以维护正统皇位继承原则、稳定统治秩序以及弘扬官僚正气等目的进行努力。
通过几十年的斗争过程，言官作为一个团结力量，在确保国家正常运转和制衡皇权方面扮演关键角色。国本之争不仅决定了万历之后中国历史走向，而且成为推动晚明三大案发生以及加剧党派纷爭并促进灭亡的一项关键因素，是晚期中国历史最具影响力的事件之一。
关于这段历史，有许多学者仍然站在一边支持或批评这个主题，但这些立场往往基于传统观点，而不是基于客观分析。“女人乃祸水”的说法，也是一种偏见，没有给予郑贵妃公平评价。而对于此问题，有很多研究人员提出了不同的看法，但其中一些依然带有固有的思维模式，无疑失去了公正性，让原本已复杂且难以辨认的事实变得更难以理解。
