国本之争的深远影响，首先体现在皇权的实际下降上。万历帝不理朝政，导致内阁、地方官员缺位，使得晚明政治运行遭受极大破坏，同时他大兴敛财之道，如派遣矿监、税监，对百姓造成巨大苦难，从而激发民变。这次争斗还促成了明末党争的一个重要原因，即对储位模糊态度引起了官场和地方上的猜疑与揣测，使得政局更加混乱。
此外，国本之争还导致了政府行政效率的下降。万历帝希望独揽大权，但又放任缺官不补，从而削弱了内阁势力；长时间居于深宫，不理朝政，让司礼监的地位得到提升；对郑贵妃的宠爱也使外戚实力增强，并出现内监以郑贵妃为主的现象。
随着皇帝怠政和廷臣党争不断，上疏抨击时政的人物声望提高，而地方上仕途不再是衡量人生价值唯一标准，便出现了“山人”群体，最终发展成东林书院，文人关注时事并形成东林党。这些都预示着地方势力的崛起，并最终导致民变和后金兴起。
在这一过程中，言官通过集体行动维护正统继承原则、稳定秩序、制衡皇权以及弘扬正气发挥关键作用。“国本之争”，决定了明朝未来的走向，是晚明三大案诱因之一，也加剧了党争形成，加速了明朝灭亡进程，是晚明历史上最具影响力的事件之一。
对于国本之争，这一主题，有许多历史研究者仍持有不同的观点，有些甚至站在万历一朝臣僚立场上看待这个问题，如将郑贵妃视为祸水，而不是给予她公正评价。这样的观点往往基于僵化保守的人云亦云思想，没有公允地审视历史事实，只是将已经分清是非的事实再次蒙上了迷雾。
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