在明朝初年，洪武帝朱元璋创立了都司卫所，这是一种军事机构，其名称最初为都司、行都卫，后于洪武八年更名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），直至宣德年间才逐渐固定下来。明朝全国共设有十六个都司和五个行都司，每一布政使省下均设有一处，都与布政使同驻一城。
这些机构的分布情况是这样的：山东的治所位于济南府，浙江则在杭州府；江西在南昌府，福建则是福州府；湖广在武昌府，山西是在太原府；陕西治所位于西安府，而四川则是成都是其所在地。而广东、广西的治所分别位于广州及桂林，并且河南则治于开封。
此外，大宁都不 司曾先期驻扎大宁卫，即今辽宁宁城西地区，但后来于永乐元年移往保定。辽东不 司又曾经驻扎定辽中卫，即今辽阳，其管辖范围包括今天的大部分辽宁区域。万全都不 司最初驻地是宣府左卫，即今河北宣化，然后扩展到现在的河北省内外长城一线，从赤城到怀来，再从宣化到阳原的一带地区。此外，还有奴儿干都不 料，在特林即今俄罗斯远东区管理黑龙江、乌苏里江以及松花江至库页岛等区域。
相对于这些主要地点，都有的组织，有些地方会设立“边境海疆”的机构——行不 料，它们并非直接位于各省之中，而是在边界地带，以辅助本省所有的防御工作，同时管理一些偏远地区的小型军事单位。这类机构如陕西行不 料驻扎甘州即今日甘肃张掖，以及山西省内的大同市等其他几个地方。
除此之外，还有两处特别的情况：凤阳留守斜，由朱元璋于洪武十四年建立，是专门负责皇陵保护的地方官员统领八个小型军队防护皇陵，而嘉靖十八年的兴 都留守斜，则成立于湖广承天县，以确保显陵安全，并由一个官员负责这两个小型军队的事务。
总而言之，这些都是明代地方最高级别的行政和军事机关，他们主要负责管理各地的小规模军事单位，如千户所和百户所，这些单位分属不同的层级，其中最低一级的是小旗，每个旗下可能包含十人组成的一个小团体。在这里，我们可以看到一个复杂但高度组织化的人口结构系统，其中每个人或家庭成员被归入某种形式的地位阶层或职业角色。
