在朱元璋的洪武初年，明朝创立了都司卫所，这是一种新的军事机构。最初，它们被称为都司和行都卫，后来在洪武八年改名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），到宣德年间，其名称才逐渐固定下来。明朝共有十六个都司、五个行都司和两个留守司，每一个布政使 司下设有一个或多个这样的机构。
这些机构主要分布在全国十三个布政使 司中，其中山东、浙江、江西、福建湖广等地的府城分别设有各自的都会治，而四川、陕西等地则设置了更大的辖区。除了这些内陆地区之外，还有一些特殊的地理位置，如大宁卫、大同府等，都属于边境地区，并且辖境相对较大。
除此之外，有一些留守司负责保护皇陵，例如安徽凤阳府中的中都留守 司，以及湖北承天府中的兴都留守 司。这两类机构与其他所有地方的最高军事长官不同，他们只负责特定的任务——守护皇帝陵墓。
明代的地方最高军事长官是总兵官，他可以调动任何需要的人员去执行某项任务。一旦战事结束，那些士兵便会返回原来的驻地继续他们的生活。在平时，他们会参与屯田生产，并进行必要的训练，但由于边疆地区屯田制度日益衰败，这些士兵与当地百姓之间形成了紧密联系，因此最终不得不涉足民政管理。
随着时间推移，这样的组织逐渐演变成一种行政单位，不仅仅是纯粹的军队组织，而是包含大量农民生活的地方，由单一区域管理转变为一种行政划分。而《明史-地理志》将这种既涉及深层次民政又拥有大量屯田资源的卫所称作实土卫所，它们依附于省级政府；而那些没有足够土地来维持给养并治理民政，只能依赖中央供给的一般性质的是无实土卫所，它们只是纯粹的一种军事组织。
至于这十六个主要的大型行政区划，大部分都不具备实际控制领土，即“无实土”，只有少数几个例子如辽东、大宁和万全等，在其辖区内拥有一定数量的人口和土地，可以被归类为“实土”。
然而，当屯田制度废弛之后，士卒成了官僚私人佃农，以至于原本完善但现在已无法发挥作用的大量纸面人员成为国家安全保障体系的一个漏洞，使得最终导致了其在清朝覆灭前夕失去了防御能力。
