王小波曾评价《万历十五年》为“不新的”，这本书的确以明朝的一年作为窗口，展现了一个封建王朝发展的重要阶段。黄仁宇在这本书中认为，民穷之原因不在于国家赋税过重，而是法律和政府低能。他通过这一著作，旨在说明这种看法。
万历年间的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。他们每个人都有自己的特点，但最终大多数人遭遇革职或入狱的下场。这一情况反映出强大的体制惯性所带来的悲哀。文官集团对国家武备、科技革新和商业发展造成停滞，他们为了维护整个集团的平衡，对国家进行了统治，使得这个时代成为大明王朝衰败的一个开始。
历史学家可能会忽略万历十五年的平淡，但实际上，这一年里发生了一些容易被忽视的小事件，却是过去大事的症结，也预示着将来波澜壮阔的事变。在《万历十五年》中，我们可以看到这些没落王朝的人物及其命运，以及这些历史事件之间因果关系，这才是真正的问题所在。
黄仁宇批评道德代替法律，他认为明朝特征之一就是依靠意识形态作为统治手段。意识形态充斥了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前未有的水平。在万历十五年的某个瞬间，中国与西方之间的差距越发显著，一边是崛起中的西方帝国，一边则是在沉沦的大明帝国。
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