政治腐败与社会动荡
元朝的政治体制虽然有其先进性，如设立了中央集权、官僚体系等，但随着时间的推移，权力斗争和贪污腐败问题逐渐凸显。皇帝之间的继承人争夺和宦官专权导致了政府运作效率下降，民众对政府失去了信任。同时，由于长期战争和内政混乱，社会秩序大打折扣，大批人民流离失所，加剧了社会矛盾。
民族融合与文化冲突
元朝是蒙古族建立的一个多民族国家，它在征服其他民族后实行“九姓入仕”政策，即允许汉族、契丹、女真等非蒙古族的人士担任高级官职。这一政策在一定程度上促进了不同民族之间的融合。但是，这也引发了一些文化冲突。在强调蒙古习俗和语言的地方，也会遭到汉族以及其他少数民族的一些抵触。此外，不同地区对于中央集权的接受程度不同，有些地方可能因为地域偏远而更倾向于独立自主，这种差异也是元朝历史记载不够充分的一个原因。
经济发展与资源枯竭
元朝时期，在科技创新、高产量农业技术、大规模商业贸易活动中取得了一定的成就，比如丝绸路沿线繁荣，以及中国南方稻米的大规模出口。然而，这种快速增长带来了环境破坏和资源枯竭的问题。森林砍伐过快导致土地退化，而河流水患频发则影响了农业生产。而且由于战争损耗及国内外因素，元末年间经济呈现出衰退趋势。
灾害与疾病
元代经历了一系列自然灾害，如1356年的黑死病爆发以及1360年代重复发生的地震、洪水等天灾，使得人口大量减少，并给予当时的治理带来了巨大的挑战。而这些自然灾害往往伴随着饥荒、疾病扩散，从而加剧了社会动荡状态，对于记载这一时期事件提供帮助的人们来说，更难以获得稳定可靠的情报来源。
史料毁灭与纪录不足
元初即使在征服过程中，也有一部分文献被焚毁或遗失，而到了明初清洗旧事物的时候，更是许多关于元代重要文献资料遭受破坏。一方面，因为明太祖朱元璋认为自己是兴国英雄，将自己的功绩宣扬至极端，以此来巩固自身地位；另一方面，他也为了抹杀前朝（指的是元朝）的统治者，同时将所有以前统治者的恶行记录下来，为此目的而刻意忽略或者歪曲那些对他有利但又不符合其意识形态的事实。这无疑削弱了我们了解元代真正面貌的手段。
