政治腐败与中央集权的丧失
在万历年间，明朝政治虽然表面上看似稳定，但实际上却积累了大量问题。皇帝过于宠爱内阁大臣张居正和他的继任者刘宇亮，导致他们长期掌握实权。这种个人独裁和特权集团统治造成了官员之间的倾轧和争斗，同时也削弱了中央集权，使得地方势力强化。
随着时间推移，这种状况愈发严重。在崇祯年间，即位后的皇帝崇祯帝更是加剧了这一情况，他对待事务态度消极，对宦官信任过多，对外战事无能为力，而内政则被一群贪婪、能力不足的小人所把持。这直接导致了国家政策失误、财政危机以及军队效率低下。
经济困顿与农民起义
经济上的问题也是明朝衰败的一个重要原因。从16世纪末开始，中国经历了一系列自然灾害，如洪水、旱灾等，这些都给农业带来了巨大的打击。同时，由于战争耗费巨大，加之税收制度不合理，大量农民陷入贫困状态，他们无法支付高额的租金和税款，不得不流离失所或加入起义军中。
这些农民起义在各地爆发，它们通常以反抗压迫、要求改善生活条件为名，但往往演变成针对整个社会秩序的大规模暴乱。这对于政府来说是一个非常严峻的问题，因为它们需要投入大量兵力去镇压，也因此进一步削弱了国家力量。
军事上的疲惫与边疆防御松懈
随着时间推移，明朝的军事力量逐渐衰退。一方面是因为长期战争耗尽国力的结果，一方面则是由于内部管理不善导致士气低落。此外，由于领导层缺乏有效应对策略，因此无法有效整顿军队，更无法有效防御来自蒙古及其他北方民族的侵扰。
此外，由于边疆防御松懈，以及对新兴势力的忽视，比如日本海盗船团不断骚扰沿海地区，使得国土安全受到威胁。而这些都是明朝晚期政治家们难以解决的问题，从而加速了其灭亡进程。
文化教育上的萎缩与思想封闭
文化教育作为一个国家发展不可或缺的一部分，在明代后期也出现了一定的萎缩现象。大批书院被关闭，或转变为私人所有，其作用减少；学术界内部出现分裂，有的人支持传统儒学，有的人则追求新的科学技术知识，但两者并未形成有利于社会发展的融合，而是互相排斥甚至斗争。
此外，由于官方控制意识形态过度紧密，加上宗教政策混乱，不断发生关于天启运动（即“神光会”）等事件，这些都显示出文化教育领域存在严重的问题，并且影响到了人们的心智自由和创新能力，从而限制了整个社会向前发展的空间。
社会结构变化中的矛盾激化
社会结构在这段时期经历了一系列变化，其中包括人口增长带来的土地分配问题，以及由此产生的地主阶级强化。在这个过程中，小农经济遭受冲击，被迫进入半封建形式的小土地所有制，增加了劳动人民负担，同时增强小地主阶级的地位。但这同样引发了一系列矛盾，如地主阶级之间竞争激烈，小农生产水平普遍较低等问题，为日后的社会动荡埋下伏笔。
