在明朝初年，洪武帝朱元璋创立了都司卫所，这是一种军事机构，其名称最初为都司和行都卫，后于洪武八年更名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），直至宣德年间才逐渐固定下来。明朝全国共设有十六个都司、五个行都司和二留守 司。在十三个布政使司中，每一地均设有一处，都指挥使与布政使同驻一城。
山东的治所位于济南府，浙江则在杭州府，江西的治所在南昌府，而福建则是福州府。湖广的治所在武昌府，山西则是太原府，陕西则是西安府。而四川、广东、广西、河南及云贵地区各自也有其相应的地方。
除此之外，大宁都是由大宁卫管辖，其辖境相当于今天的河北长城以北以及辽宁西拉木伦河以南地区，但到了永乐元年便被移往保定。另一方面，辽东的是由定辽中卫管辖，其范围包括今天的大部份辽宁地区。而万全则治于宣化左卫，其控制区域包含今日河北省内外长城的一线以及宣化、阳原以北的地带。奴儿干，则位于特林，其管领范围涵盖现在黑龙江、乌苏里江到库页岛之间。
另外，还有五个行都 司，它们分别设立在边疆海岸，以辅助本省的所有权威，并管理部分地方性的军事力量。一例子就是陕西省下的甘州衛，一些其他地方也遵循类似的模式，比如山西省下的大同市，以及福建省下面的建宁等地。
除了这些，有两处特殊的情形：第一是在安徽凤阳设置中 都留守，使得凤阳及其周边八个防御单位专门负责皇陵的保护；第二是在湖广承天设置兴 都留守，为显陵及其附近两个防御单位提供保障。
这类机构对于明代地方来说具有极大的重要性，它们不仅仅作为最高级别的地方军事力量，同时还直接隶属于京师五军总督办公室。在早期时期，每一个城市都会根据需要建立自己的防御单位，即“千户所”，而每一个“千户”又会管理十组百户，他们又再次分配给更多的小型队伍。当局为了确保士兵能够得到足够食物，又开始允许他们进行农耕，这样他们就能自己养活自己并且训练战斗技能。这一切都是按照一定规律来组织和运行，其中最核心的是世袭制，即官员职位通常由家族成员继承，而士兵也是父子相传，所以这是一种稳定的社会结构。但这种体系也存在缺陷，因为当国家需要的时候，将将官调去出征，就会造成混乱，因为没有人可以替代他们去处理日常的事务。此外，由于边界上的屯田制度逐渐废弃，最终导致士兵与当地居民融合成一体，从而改变了原本完美无瑕的系统，使它变得无法维持国家安全或抵抗入侵者。这正是为什么随着时间推移，该体系最终崩溃了。
