在南明覆灭的历史背景下，虽然官方历史记载并未直接提及小规模独立势力或“小朝廷”的存在，但从当时的政治、经济和社会环境来看，可以推测出，在清军大举入侵之前，确实有可能存在一些地方性政权或领地。这些微型政权可能是由反抗清军统一的农民起义领导人或者对抗中央政府政策的一些地区豪强所建立。
然而，这些“小朝廷”的存续时间通常很短暂，因为它们缺乏足够的资源和力量来长期抵御更为强大的外部威胁。即便如此，它们对于当时中国南方地区乃至整个国家局势都产生了一定的影响。
那么，在这样的背景下，清军如何处理这类潜在的小朝廷？首先，他们采取的是一种以武力兼并为主的手段。在征服任何一个新的地区之前，清军总是会进行周密的情报收集，以了解当地的情况，并评估是否存在其他独立势力。此外，由于对手力量较弱，加之内部矛盾重重，小规模政权往往难以形成有效抵抗，因此很容易被消除。
其次，为了巩固自己的统治基础以及防止未来出现新的挑战，清军还会通过一系列措施来稳定化管理新获得的地盘。这包括但不限于加强地方官吏的人选和任用机制，使其更加忠诚于中央政府；加大对地方经济的控制力度，比如调整税收制度等；同时也会利用宗教、文化等手段去融合不同民族群体，以增进民心所向，同时减少未来叛乱风险。
此外，还有一种情况，即某些原本属于南明王朝的地方领土，或许因为实际上的割据分裂，而自行宣布独立甚至与其他割据势力结盟。但由于这种情况下的政权并不具备足够的实力的支持，只能维持较短时间内的小范围活动，最终仍旧难逃被整合到更大的帝国版图中的命运。
综上所述，当时的大量文献记载显示，一方面很多地区已经接受了清王朝的统治，其它部分则是在战争中逐渐被纳入帝国版图。而那些能够持续较长时间存活的小尺度政治结构，则多半因为内部矛盾或者缺乏足够扩张性的资源而最终失败。不过，就算如此，这样的现象也凸显了复杂多变的地理政治格局，以及各种各样试图挣扎求生的小尺度政治实体之间错综复杂的地缘关系网。
