2013年7月,多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良,这一转会让这位阿塞拜疆中场成为了球队的关键人物。在转投德甲后,他迅速成为球队的主力前腰,在欧洲冠军联赛和德甲联赛中共出场19次,打进4球并提供5次助攻。他的表现帮助多特蒙德从欧冠小组赛中脱颖而出,并在2014年的德国超级杯中对阵拜仁慕尼黑时贡献了一球,最终帮助多特蒙德赢得了冠军。
在接下来的赛季里,姆希塔良继续保持着稳定的状态。在整个2015-16赛季,他为多特蒙德出场51次,其中包括23个进球和32个助攻。在这个过程中,他还被授予了德甲联赛的最佳助攻奖,这无疑是他职业生涯中的一个重要里程碑。
随后,在2016年7月,曼彻斯特联足球俱乐部宣布签下了姆希塔良。这对于他来说是一个梦想成真的机会,他表示自己非常自豪能够加入这样一个有着辉煌历史的俱乐部,并希望能够成为其历史的一部分。他在曼联期间也展现出了自己的价值,其中包括一次个人秀进球,被评为曼联当月最佳进球,这也是他连续第三个月获得这一荣誉。
然而,在2018年1月,姆希塔良再次进行了转会,此时他加盟到了阿森纳足球俱乐部。很快地,他就在新团队中取得了显著成绩,不仅获得了亚美尼亚足球先生,也连续第二个月被选为阿森纳最佳球员之一。
最后,在2019年9月,罗马足球俱乐部宣布租借加盟了姆希塔良,并承担起他的薪资。此后的2020年1月5日,在意甲第18轮比赛中,当罗马对阵都灵时,由于与对手的一次拼抢受伤导致左大腿股直肌受伤,这使得他的未来行踪变得不确定。