王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。这个时间节点既充满了决定性事件，又可能显得平淡无奇，甚至似乎没有任何值得一提的动静，但它恰恰标志着明朝政治、经济和文化生活的一系列重大变革。
在过去的历史叙述中，人们往往会用“税重民穷”的话来形容明代，但是黄仁宇认为，这种困境并非主要源于国家过度赋税，而在于法律体系的弱化和政府效率低下。中国两千年的历史中，以道德取代法制的情况到了明代达到了极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的正是在于揭示这一问题。
在那一年，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都有自己独特的人物魅力，都尝试推动改革，但最终却以悲剧收场。即便是当时的皇帝万历，在这种体制下，只能选择无为而治。这一切都反映出强大的体制惯性带来的悲哀，以及文官集团对国家发展产生的负面影响。
这些文官为了维护自己的集团利益，使得国家武备、科技创新以及商业发展都陷入停滞。在他们手中的权力，让整个大明帝国走上了不幸的道路。而宦官集团夺权更是加速了大明王朝衰败的事实。
尽管外界看似只是一个平凡的一年，但实际上，这一年里发生了一系列容易被忽视的小事，它们看似不起眼，却又与后续的大事件密切相关，是将要引发风波但目前还未露头角的问题。此类因果关系正是历史学家所关注之处。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展示了这个没落帝国深刻的人生悲剧，以及它们如何随着时间消逝。
黄仁宇批评道德无法完全替代技术，更不能替代法律，他认为，这一点尤其适用于清晰地表达了明朝特色，即依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到前所未有的水平。他进一步指出，从这一刻开始，就可以看到中国与西方之间日渐扩大的差距——西方正在崛起，而东方则逐渐衰退。
