王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。然而，这一年既充满了决定性事件，又可能被视为平淡无奇，甚至有些事物似乎没有足够的重要性，但它却是明朝历史上一个极其关键的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到“税重民穷”的现象，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律和政府效能问题。中国两千年的传统以道德代替法制到了明代达到了顶峰，而他写作《万历十五年》的目的是为了强调这一观点。
在万历年间，大批重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。即使万历自己，在这种体制下也只能采取消极应对策略。通过这些人物可以看出一种强大体制惯性的悲哀，他们每个人都有自己的特点，各显神通，却最终都因改革失败而遭遇革职或入狱命运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展陷入停滞。在他们的统治下，对这个国家来说，无疑是一场灾难性的开始。而文官与宦官之间的权力斗争，更是导致了大明王朝衰败。
历史学家们往往忽视了万历十五年的平凡之处，因为那里的事件虽然看似不起眼，却实际上揭示了前事后果以及未来可能引发的问题。这份关系因果，是整个历史故事中的核心线索。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物的深度描绘，看到了这个没落帝国所承受的悲剧命运，最终这些帝王将相所面临的情景，被时间抹去了。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经详尽地批判了中国以道德代替法律的情况——道德并非无用，它不能替代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一大特征就在于“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国所有方面，无论从强度还是广度来看，这都是前所未有的。
从此刻开始，中国与西方之间的差距越来越巨！西方帝国正在崛起，而东方帝国则逐渐走向衰落！
