在孙传庭的一生中，农民起义构成了他军旅生涯的主要内容，其起点始于崇祯八年（1635年）。这一年的秋天，孙传庭出任验封郎中，后又越级升为顺天府（今北京市）府丞。崇祯九年（1636年）再擢为右佥都御史。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛（今陕西商州市、洛南县一带）之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治。
孙传庭到任后，令副将罗尚文率明军进击商洛地的起义军，并诛杀了整齐王。不久，农民起义军又在关中地区展开斗争，孙传庭在陕西周至的黑水峪之战中大破了高迎祥部，并俘杀了闯王高迎祥。当陕西的起义军屡遭挫折之际，活动于河南的起义军马进忠、刘国能等17部进兵渭南。孙传庭急忙联络河南明军对起义军进行围追堵截。
崇祯十年（1637年）初，马进忠等部再渡西折入陕，将通向澄城时，被孙传廷指挥其部分五路合击，该次战斗是以杨家岭、黄龙山一带为主战场，再败起义军，并打退了驰援陕西起义軍馬進忠、馬光玉所率领的大队人馬。在潼关南原以重兵埋伏，使闖王李自成部几乎全軍覆沒，只有李自成僅以18骑兵突圍而走。至此，全境内外除独尊与清边防线相接触者外，大抵已无异议可言。
然而，在处理这场长期战争期间，由于种种原因和个人观点上的分歧，与杨嗣昌发生矛盾，最终导致两人不欢而散。这也标志着两位领导人的政策分歧和个人恩怨，对战争结果产生了一定的影响，但同时也反映出了当时社会政治环境下的复杂性和矛盾性。
随着时间推移，这场冲突并没有停止，而是在不同的形式下继续进行。尽管如此，对待这些事件历史学家们仍然充满好奇心，因为它们揭示了一个国家如何应对内部挑战，以及如何通过强大的领导力来维护秩序，同时也展示了一些关键的人物及其决策对于历史发展轨迹产生深远影响的情景。在这样的背景下，我们可以从不同角度去探索这个问题，比如通过分析这些事件背后的经济动态、社会结构以及文化因素等方面，从而更全面地理解这一段历史。
