王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，是一个决定性的一年，它既充满了历史巨变，又平淡无奇，甚至可以说没有任何值得一提的事件，但它恰恰是中国封建王朝发展的一个十分重要的转折点。
过去关于明史的叙述，大多以“税重民穷”来形容，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律和政府体制的低效率。两千年的中国历史，以道德代替法制的情况，在明代达到极致，而他撰写《万历十五年》的目的，就是要说明这一观点。
明朝万历时期的一批重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们各有所长，却都以悲剧收场。即便是万历帝自己，在这种文官集团体制下，只能采取无为而治。在这种强大体制惯性的影响下，每个人都试图改革，但最终失败，大部分人还遭受革职或入狱之辱。一群文官为了维护整个集团的利益，让国家武备、科技进步和商业发展陷入停滞。文官集团的统治，无疑给这个国家带来了不幸，并且宦官与文官之间权力的斗争，更是使得大明王朝走向衰败。
然而，历史学家们往往忽略了这一年的其他一些细微事件，这些看似不起眼的小事，却成为了后来的重大事件所依赖的情报，也预示着将要发生的大动荡。这其中关系因果错综复杂，就如同历史中的关键环节一样，《万历十五年》通过对几个关键人物的描述，展现了这个帝国走向崩溃的悲剧命运，最终这些帝王将相所拥有的权力也随时间消逝。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻地批判了中国以道德代替法律的问题——道德并非无尽力量，它无法取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国每个角落，无论从强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
自从那一年开始，即1587年的那个瞬间，从此中国与西方之间的差距就逐渐拉开。当西方帝国正在崛起的时候，东方帝国却开始走向衰落。这是一个分水岭，一次转折，一种命运共同体上的改变。
