起因
在张居正主政的万历九年（1581年），明神宗偶遇宫女王氏，生下皇长子朱常洛。尽管太后慈圣皇太后不在，但王氏受孕后，太后询问皇帝，并勉强承认其为子。在此期间，郑贵妃也生下了福王朱常洵。明神宗对郑贵妃情有独钟，对恭妃冷落，有意立朱常洵为储君。
朝臣拥护朱常洛
大臣们基于流言和制度原则，不断要求册立皇长子朱常洛为太子。申时行上疏列举历史例证，明神宗虽推延多次，但仍受到群臣压力。万历二十一年（1593年），三王并封礼曝光，大哗随之而来。大臣们指责首辅王锡爵谀帝邀宠，最终收回命。
立常洛为太子
在“第一次妖书案”之后，由于众议和慈圣皇太后的干预，大约经过十五年的争斗，最终于万历二十九年（1601年）让步，将虚龄已二十的皇长子朱常洛册封为太子，而将他的弟弟福王朱常洵作为第二顺位继承人。
影响
国本之争是明朝晚期的大事，其影响深远。当时许多大臣都参与其中，一些人甚至因此遭到惩罚。此事件还加剧了党争，并促使万历怠政，最终导致明朝灭亡。而且，这场争论也没有给未来的教育或关怀留下足够的空间，使得政治动荡与混乱进一步加剧。
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