《明朝那些事》这部小说被许多读者奉为“史书”，而提到《明史》，他们就会断言它是清朝篡改的产物，贬低明朝至极。然而，当人们意识到作者并非真正的学者时，他们会搬出权威学者的名义，如毛佩琦，以此来支持自己的观点。然而，这些所谓的权威往往存在着严重的错误。
例如，毛佩琦在他的讲座中说，“朱元璋重刑治国之谜”中的官员考核由吏部和督察院负责。这是一个显而易见的历史错误。
此外，一些与朱元璋相关的历史误差也被专家指出，如在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦提到帖木儿国在洪武年间向明朝纳贡。但实际上，“洪武”是朱元璋唯一使用的一次年号，意味着大明王朝尚未建立，因此帖木儿国如何能向明廷纳贡呢？
相比之下，有些被人诟骂最多的人物，如隋炀帝杨广，其疏通运河、连接黄河长江流域经济区等功绩，却常常被忽视。
毛佩奇教授在演讲中也存在不少硬伤错误，比如关于明成祖时期中国疆域扩张的情况，他提供的情报并不准确。中国版图从秦汉一直到清代都有起伏变化，但总体上并没有像一些人说的那样空前广阔。在不同的历史时期，中国的领土面积有所增加或减少，但总体来说，并没有达到传说中的那么巨大。
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