《明朝那些事》这部小说被许多读者奉为“史书”，而提到《明史》，他们就会高声反驳：“那是清朝篡改的，怎么能信？”然而，当他们意识到作者并非真正的学者时，他们便搬出一个权威学者——毛佩琦。他们说，他的话就是金科玉律，但实际上，毛佩琦在《百家讲坛》中讲述的“朱元璋重刑治国之谜”中，就有明显的错误。他说，“明朝的官员考核由吏部和督察院负责”，这是不准确的。
此外，还有一些关于朱元璋的问题，被专家指出存在误差。例如，在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦提到了帖木儿国在洪武年间向明朝纳贡。但问题是在于，“洪武”是朱元璋唯一使用的一次年号，而洪武之前，大明王朝还未成立，所以帖木儿国如何向未来的明廷纳贡，这样的历史差错实在令人难以置信。
相比之下，有人常常批评隋炀帝杨广，以其疏通运河，将黄河长江流域两大经济区连接起来，为中华民族创造了巨大的成就。然而，毛佩琦教授认为这些都是血腥与暴行，这种观点本人并不认同。
最后，再看一下有关史料方面的错误，比如在谈论成祖时期中国疆域扩张的情况时，他似乎忘记了很多重要的事实。在整个中国历史上，有几个发展阶段值得注意：秦始皇统一中国后，其版图达到了300万平方公里；汉武帝开辟河西走廊增加了20万平方公里，加上云贵高原33万平方公里，使总面积达到350万平方公里；直到清代才恢复至秦初水平；最终，在18世纪，大清帝国达到最大规模，尽管其中包含大量无用土地，比现在960万平方公里更大。这表 明虽然有部分地区荒凉，但在面积上远超过当今的大陆版图。
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