《明朝那些事》这部小说被许多人奉为“史书”，而提到《明史》，他们就会不经意地否定它，称其是清朝篡改的产物。他们认为在《明史》中，只能看到明朝的一无是处，而正常人会问：“你看过《明史》吗？”这些自称“粉丝”的人通常会回答：“当然看过，那些内容我都认识。”然而，当人们意识到作者并非真正的学者时，他们就开始搬出权威人物，如毛佩琦。他们声称一切关于明朝的伟大和光荣都是他说的，但实际上，这些专家往往存在错误。
比如，在他的电视讲座中，毛佩琦提到了朱元璋如何通过吏部和督察院来考核官员。这显然是一个历史上的错误。
此外，一些与朱元璋相关的历史事件也常常被指出有误。在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦提到了帖木儿国向洪武年号时期的中国纳贡。但事实上，“洪武”是朱元璋唯一使用的一个年号，因此当时的大明王朝尚未成立，对于帖木儿国向之纳贡简直是不可能的事情。而一个应对这个问题的人应当具备更高标准，不应该出现如此严重的问题。
相反，有时候被批评得最厉害的人，比如隋炀帝杨广，他因疏通运河，将黄河长江流域两大经济区连结起来，使中华民族成为不可分割的一体，这一成就则值得记录下来。至于毛佩奇教授说老百姓因为他而血流成河，我们不同意这种观点。
最后，由于毛教授演讲中的很多硬伤错误，比如说成祖时代中国疆域空前广阔等，都需要重新审视。他所述有的记载并不符合历史真相。在古代中国版图扩张的情况下，从秦汉、唐宋、辽金、元清等多个朝代，它们各自开拓了不同的疆域，最终形成了今天我们所知的地理形态。从秦始皇统一天下开始，每个 dynasty 都有自己独特的地理扩张过程，其中包括汉武帝开拓西域，南京期间云贵地区，以及后来的清王朝。此外，还有一些地方由于特殊原因，也发生了极大的变化，如蒙古高原、新疆地区以及其他一些边远地区。
