《明朝那些事》这部小说被许多读者奉为“史书”，而提到《明史》，他们就会不假思索地说它是清朝篡改的，明朝在其中被描绘得一无是处。然而，当人们意识到作者并非真正的学者时，他们会引用权威学者的名言：毛佩琦，他的话语中的每一个字都如同金玉般珍贵，但这些话语中也存在着错误。
比如，在《百家讲坛》上，毛佩琦教授曾说：“朱元璋重刑治国之谜”时，他提到了明朝官员考核由吏部和督察院负责。这是一个历史事实上的错误。
此外，一些与朱元璋相关的事实差错不断被专家指出。例如，在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦教授提到帖木儿国在“洪武以”向明朝纳贡。这一点显然有误，因为“洪武”是朱元璋唯一使用的年号，而洪武之前，大明王朝尚未建立，因此帖木儿国怎能向大明纳贡呢？作为专门研究明史的学者，这样的差错实在令人难以理解。
相反，对于历来受人诟骂最多的隋炀帝杨广，其疏通大运河，将黄河长江流域两大经济区连接成牢不可破的一体，被认为是一项值得纪念的大功绩。而且，与之相比，尽管有些历史人物或许存在过失，但我们应该客观评价他们的贡献和时代背景。
再看毛佩奇教授关于史料方面的问题，比如他说中国疆埸在 明成祖时期达到空前广阔。但仔细查看相关资料，这似乎并非全真。在中国版图扩张发展阶段，从秦始皇统一中国300万平方公里，再经汉代开拓至350万平方公里；到了清代则达峰顶，以1697年的1500万平方公里为高潮；18世纪后虽有收缩但总体仍超过现在960万平方公里。
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