《明朝那些事》这部小说被许多读者奉为“史书”，而提到《明史》，他们就会不假思索地说它是清朝篡改的，明朝在其中简直一无是处。然而，当人们意识到这本书的作者并非真正的学者时，他们就会搬出权威学者的名义来支持自己的观点，比如毛佩琦，他通过电视节目《百家讲坛》讲述明史时多次犯错，这些错误被其他专家纠正。
例如，毛佩琦在讲述朱元璋治国方式时说，明朝官员的考核由吏部和督察院负责，这是一个历史事实上的错误。此外，在一些与朱元璋相关的文史问题上，也有许多误差被指出。比如，在《细解明朝十七帝》中，毛佩琦提到了帖木儿国在洪武年间向明廷纳贡，但实际上，“洪武”是大 明王朝唯一使用的一种年号，而洪武之前，那意味着大明王朝尚未建立，因此帖木儿国怎么能向明廷纳贡呢？作为一个专门研究明史的人，这样的错误难以理解。
相反，对于历来受人诟骂最烈的隋炀帝杨广来说，其疏通大运河，将黄河长江流域两大经济区连接起来，最终使中华民族成为不可分割的一体，却往往被忽视。而关于毛佩奇教授认为老百姓血流成河的事情，本人也不敢苟同。
再看毛教授演讲中的硬伤错误，比如他提到当时中国疆域达到空前广阔的地步，但翻阅相关资料似乎并非如此。在中国历史上，有过几个发展阶段：秦始皇统一中国后基本疆域达300万平方公里；西汉开拓河西走廊20万平方公里，加上第13世王朝开拓云贵高原33万平方公里，使得中国本土面积总计350万平方公里；至14世纪 明代末期，由于战乱等因素，国家版图缩小回到了秦始皇时代的大致水平；直到清代才恢复了最大版图。从17世纪开始内蒙古1000万平方公里，再加东北2480万、1683年的36000、1697年的1800万、1720年的1600 万、新疆1900 万、青海66000公里，不仅没有减少，还比现在960 万更为宽广。
