明朝初年，日本陷入南北朝时期，割据的诸侯为了争夺权力而战。战败的封建主转变了与中国友好的态度，组织武士、商人和浪人在中国沿海地区烧杀抢掠，被称为“倭寇”。这场灾难始于元顺帝至元二年（1336年），足利尊氏废黜后醍醐天皇自任征夷大将军，在京都设立幕府。后醍醐天皇逃往吉野，与京都的“北朝”对立。
朱元璋即位后派使者到日本，但未能解决问题。洪武二十五年（1392年），北朝统一日本。失败的南朝势力盘踞海岛，不断侵扰中国沿海，使得辽东、山东到广东长达漫长海岸线的人民深受其害。
明朝修筑十多座防御工事抵抗倭寇，并取得了一定的成效。此时中日两国又恢复了邦交关系。但是随着足利幕府衰弱，一些守护大名开始进行海盗活动破坏正常贸易。在嘉靖时期中日官方贸易完全中断，倭寇再次在中国沿海猖獗起来。
嘉靖二十七年（1548年），朱绔被任命封锁福建海面击杀近百名通倭者，这些官僚、富豪指使官僚擅杀导致朱绔身亡，从此倭寇更加猖獗。在抗倭斗争中涌现出戚继光等爱国将领，他们不仅训练有素且纪律严明，而且得到百姓的大力支持，即所谓的“戚家军”。
嘉靖四十年（1561年），约有一万名倭寇突袭浙江台州等地。戚继光亲率部队前往宁波与当地居民共同抗击，当地人民英勇抗战。他招募三四千新军更新装备并进行严格训练，并创造鸳鸯阵以对付敌人的武器和作战特点。当时他注意到江南多沼泽道路弯曲兵力不易展开，加上敌方善用短武器，就创造了著名鸳鸯阵。
之后，他连续九次战斗九次胜利，最终清除了浙东一带的倭患。当他凯旋归来台州人民组成了二十余里长龙欢庆英雄胜利归来。这一年，又有一股倭寇企图突袭台州，戚继光敏锐洞察敌意，再次打败了他们。此后，他又率部来到福建捣毁横屿巢穴，再次追击逃窜至江苏兴化的残余傀，再一次斩杀无数傀，以此赢得了人民热烈欢迎。
返回浙江之后不久，傀再次侵扰福建，并攻陷兴化城，但最终被刘显和俞大猷联合率部消灭，此役死伤二万余人。此后的几十年的时间里，由于戚继光及其他将领们奋勇作战，大大小小共八十多场战争，最终彻底解除了东南沿海地区对待傀之恐惧，让人们安居乐业，有条件发展生产。在平定傀乱过程中，对“禁漕”政策认识到了它既不能限制私人航行也无法阻止傀，只能迫使沿岸居民冒险勾结故土之外，这给国家带来了巨大的危害，因此建议解除“禁漕”，允许对外通商终于在隆庆末叶实行，对促进商品经济起到了积极作用。
