国本之争的深远影响：从明神宗到晚明社会变迁
国本之争对万历时期产生了极为显著的影响，首先是导致皇权事实上大幅度下降。明神宗不理朝政，以至于最终对内阁、地方官员缺乏任用现象视而不见，这对于后来的晚明正常运作造成了巨大的破坏，同时他也大兴敛财活动，派遣矿监和税监，对百姓造成了极大的困扰，并激起民众的反抗。
其次，国本之争是促使形成党争的一个重要原因。由于明神宗对于储位未有清晰态度，使得朝中的官员以及地方上的士人开始猜测和揣摩政治局势，这种混乱导致了宣、昆、齐、楚、浙五党与东林党之间的公开斗争，以及阉党与东林党之间的暗战。这场纷争，不仅加剧了国家内部矛盾，也成为了一系列重大案件爆发的导火索，最终导致政府效率的大幅下降。
再次，由于希望掌握绝对权力，而又放任缺职不补，内阁势力自然被削弱；同时，由于长时间居住在深宫中，不理朝政，司礼监因拥有批红信件权利，其地位自然获得提升；郑贵妃作为宠爱对象，她身边的人物力量得以发展，同时出现了一些利用内侍身份影响政策的情况。
当时期皇帝怠慢公务，将朝政交由廷臣处理，但廷臣之间却陷入攻讦相向，无组织无纪政府机构瓦解。此时言官由于对朝政失望，他们通过疏书抨击当局，从而提高自己的地位；同时，有些士人并不将仕途作为衡量个人价值唯一标准，因此出现了一些“山人”的群体，他们关注政治并参与其中，最终形成了所谓东林书院文人的集会点，此后他们成为了东林党的一部分。而到了万历末年，即便是在面临民变和外患（如后金入侵）的时候，也体现出地方势力的崛起。
在这数十年的斗争中，言官们以集体行动来维护正统继承原则稳定统治秩序，并且制约皇权弘扬官方正气，在这些方面发挥出了极其重要作用。“国本之争”决定了万历之后中国历史走向，是晚明三大案之一，加剧了晚代政治斗爭，加速了整个王朝灭亡过程，是中国历史上最具冲击力的事件之一。
关于国本之争这一主题，还有许多学者持有不同观点，其中一些甚至站在那些曾经忠心耿耿但最终遭受误解或背叛者的立场上。似乎郑贵妃天生就该安分守己做一个任人宰割的小小妃子，而不是要做皇后的野心家；而万历皇帝天生就该和王恭妃恩爱倾城，不应真正去爱别人。但这些论断往往基于一种僵化保守思想，没有给予公平评价，只能让这个原本已然复杂难辨的问题变得更加模糊难解。
