明朝的都司卫所是洪武初年建立的军事机构，最初名为都司和行都卫，在洪武八年被改名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），直至宣德年间才固定下来。明朝在全国设有十六个都司、五个行都司以及两个留守司，这些机构分布在全国十三个布政使 司中，每个布政使 司下辖一个各自独立的军事长官，即备任的都是从四品以上的官员，与布政使同驻一城。
山东、浙江、江西、福建等地的大城市如济南府、杭州府、南昌府、福州府等，都设有各自独立的兵力，以保障地方安全。在这些地区，除了直接负责维护治安外，还需要处理一些民生问题，如管理屯田生产以供士兵生活，并进行必要的人口普查和土地分配。
除了这些主要的地带，大宁 都司曾经位于大宁路，其辖境涵盖今天河北省的一部分，以及辽宁省西部区域。而永乐元年时期，该地区移往保定府后，其辖区范围发生了变化。此外，还有万全 都 司，原先治所位于宣府左卫，但其辖境则扩展到河北省内外长城一线，从赤城到怀来，再到宣化及阳原之北；而奴儿干 都 司，则覆盖黑龙江流域及其周边地区。
相对应于这类地方性的防御力量，有着专门用于边疆海岸防御任务的是“行”字头的五个机构：陕西行 都 司管辖甘州卫今日甘肃张掖；山西行 都 司则设置在大同府；福建 行 都 施理建宁府今南平；四川 行 都 施理建昌卫今西昌，而湖广 行 都 施理郧阳府今湖北郧县。
除此之外，还有一种特殊类型叫做留守制度，它们主要是为了保护皇陵而存在。洪武十四年朱元璋便在凤阳设置了中都不留守，并由此设置了一系列与皇陵相关的事务。而嘉靖十八年的兴都不留守也确立了这一传统，旨在保护显陵并由特定的官员管理。这两种制度均不涉及普通的地方行政职能，只专注于他们分别负责的情报工作和皇家陵墓保护任务。
