在明朝初年，洪武帝创立了都司卫所，这是一种军事机构。最初名为都司、行都卫，后来改称为都指挥使司和行都指挥使司。在宣德年间，这些机构的名称基本固定下来。明朝全国共有十六个都司和五个行都司，以及两个留守司。每一个布政使辖区内，都设有一个都司，其长官与布政使同驻一城。
山东的都 司治理济南府，浙江的则是杭州府，江西的是南昌府，而福建、湖广、山西、陕西、四川、大宁和辽东等地分别由各自的省会管理。此外，大宁和万全两处还设有卫所，他们负责防御北方边疆地区。
除了这些区域性的军事机构之外，还有一些特别的地方，如奴儿干地区，由特林作为其行政中心进行管理。这片领土涵盖了今天黑龙江流域至库页岛的一大片区域。而行所有设在国家边境或海岸线附近，以辅助本省的防务工作，并且通常不位于省城内部。
在朱元璋统治期间，他还建立了中都不留守司，在凤阳附近设置了一系列卫队以保护皇陵安全。而到了嘉靖年间，又在湖广承天府成立了兴都不留守司，以确保显陵及承天二地方安稳。
明代下属所有这类军事组织，即包括正规士兵以及屯田士兵，它们主要负责国内叛乱和维护中央集权。此外，也有一些专门用于农耕或牧业的小型千户所，它们虽然品级相当于其他千户所，但功能完全不同。
随着时间推移，这些地方性部队逐渐演变成为一种行政单位，因为它们需要处理民众生活的问题，而且因为屯田制度日渐衰败而无法独立供给自己，所以不得不参与民政管理。此时，有一些分散在各地没有州县的地方直接由这些军事组织进行管治，而不是通过传统州县体系。
由于此系统中将原本纯粹的军事职能与地方政府相结合，使得许多官员拥有双重身份：既是军人也要处理民众的事务。当国家需要大量兵力时，将高级将领派往前线领导战斗，然后再返回京城后，让士兵回到原来的驻扎地点继续自己的生活。但平常他们就像是佃农一般，从国家那里得到耕牛来耕作并进行训练，不直接与当地政府合作。不过随着时间久远，他们开始融入当地社会，被征用的士兵成了当地百姓之一部分，因此这些部队必须负起更多责任，比如提供给养支持于自己的子弟，并且参与到地域性的农业生产活动中去。
