在明朝初年，朱元璋设立了都司卫所，这是一种军事机构，其名称曾经是都司和行都卫，后来洪武八年更名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），最终在宣德年间定名。明朝共有十六个都司、五个行都司以及两个留守司。每个布政使省下设有一处，都与布政使同驻一城。
其中，山东的治所位于济南府，浙江的治所位于杭州府，而江西、福建、湖广、山西、陕西等地也各自有其对应的治所。在云南，有云南府作为其治所，而贵州则以贵阳府为中心。在辽宁境内，有大宁卫和辽东中卫负责辖境管理。而万全卫则治于宣化，并管辖河北省内外长城一线地区。
除此之外，还有奴儿干卫负责黑龙江至库页岛区域的管理。这些机构不仅承担着防御任务，也参与维护国内秩序。
明初时期，每一个县下设有前后中左右五千户所，大约由五千六百人组成；再细分为十个百户所，每百户所以一人百户；而每个人又分为小旗队伍，其中一个总旗由五十人组成，一小旗由十人构成。此外，还存在守御千户所，它们主要用于保护某些重要地点，并且直属于各地的军事长官或是直接隶属于京师五军都督府。
随着时间推移，这些组织逐渐增加，最终形成了四百九十多个地方性部队，以及二千零几十位士兵。此外，在皇陵周围还有专门负责防护任务的小型组织——留守 司，它们分别监控凤阳和兴安两座皇陵。
这些地方性的军事力量被用来巩固边界并维护内部秩序，同时它们也能迅速调动到需要的地方进行作战。当需要时，可以调派将领统率这些部队出征，并在战役结束后返回原有的驻扎点继续执行职责。在平常情况下，他们从国家获得耕牛进行屯田生产，以此保证自己的生活来源，同时接受一定程度的训练。但随着时间推移，由于边疆地区屯田制度逐渐废弛，这些士兵开始融入当地社会，与当地居民生活在一起，因此他们必须涉足民政工作以确保给养供应。这导致原本单纯作为军事力量的一部分，现在不得不承担起行政管理职能，从而改变了原本只关注于军事活动的事务结构，使得这种双重身份成为一种新的行政单位形式。
