在明朝初年，洪武帝创立了都司卫所，这是一种军事机构。最初名为都司、行都卫，后来改称为都指挥使司和行都指挥使司。在宣德年间，这些机构的名称基本固定下来。明朝共有十六个都司和五个行都司，每一个布政使辖区内设有一处，都由一位高级军官——都指挥使领导，他与布政使共同居住在同一城中。
这些地区包括山东的济南府、浙江的杭州府、江西的南昌府、福建的福州府、湖广的武昌府以及其他几个省份各自的一座城市。另外，还有大宁和辽东两处特殊的地理区域，它们分别治理着今天河北长城以北及辽宁西拉木伦河以南的大片土地，以及辽宁的大部分地区。
此外，还有一些特殊的地方，如奴儿干，都 司负责管理黑龙江至库页岛之间的一片地域。而行都司则位于边境海岸地带，不在省城内部，以辅助本省所有者并管理一些卫所。它们分布于陕西甘州、新疆、大同等地。
洪武十四年，朱元璋还在安徽凤阳设置了中都不留守衙门，专门保护皇陵，而嘉靖十八年，又在湖广承天设置了兴都不留守衙门，专护显陵。这两个留守衙门是为了保护皇家墓葬而设立，并由特别的人物负责其安全。
这些机构不仅是地方最高军事力量，而且直接隶属于京师五军总督下面。此外，在整个明朝时期，无论是在首都是全国各地，一般会设立多个卫所，每一个县或数县合并可能只有一个卫所，大约每5,600人就是一个卫，每1,200人就是千户所，每100人就是百户所。此外，还有各种类型如屯田千户所等，他们主要从事农耕活动，并且品级相当于普通千户所。最终形成了一套复杂但相对完善的地方行政制度，其中包含了既有军事又涉及民政的事务管制权力，使得这两个部分逐渐融合成一种新的行政单位，即实土卫 所，它们不仅拥有大量屯田土地，也参与治理当地居民生活，而无实土的是纯粹依靠国家供给财物进行管理，没有实际参与民政工作。
到最后，由于屯田制度日益废弛，最终导致原本完美设计的小小局势被破坏，不再能有效维护国家稳定抵御侵略，此时已无法回头，只能眼睁睁看着它走向末路。
