王小波曾经评价说这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说发生了很多决定性的事情，但是也可以说这一年平淡无奇，甚至没有任何可谈之处，但它恰恰是中国封建王朝发展的一个十分重要的阶段。
过去关于明史的叙述，几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因不在国家的赋税过重，而在法律的和政府的低能。中国两千年来，以道德代替法制的情况，到明代到达了极点，而他写作《万历十五年的目的，也重在说明这一看法。
明朝万历年间的重臣，张居正、戚继光、申时行、海瑞……无一不以悲剧收场。甚至万历自己，在这种文官集团体制之下，也只能无为而治。由此可以看到一种强大体制惯性所带来的悲哀。他们每个人都各有特点，亮光闪闪，也试图做出改革，但最终失败，大部分人还落得个革职、入狱、死刑等下场。一群文官为了整个集团的平衡，国家的武备、科技的革新、商业的发展都陷于停滞。文官集团的统治让他们对这个国家来说，无疑是一场不幸的大变局。
在历史上，土木堡之变实为一个转折点，只是这一战役里明朝廷上发生了若干历史学家容易忽视的小事件，而这些事件看来虽似末段小节，但实质上却是以前发生大事的一次检验，也是将在以后掀起波澜的一次冲击。它们之间因果关系错综复杂，是历史中的一个关键节点。在《土木堡之变》中通过对这次战役几个关键性人物及决策过程描述，看到了这个没落王朝的人物命运与时代命运相互作用的情景，这些都是历史不能回避的问题。
虽然对中国以道德代替法律，以及政治腐败现象黄仁宇在《土木堡之变》里已经批评得很透彻——道德非万能，不足以解决社会问题，更不可作为有效治理的手段。他认为 明朝与其他帝国不同，它依赖意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国所有方面，无论从强度还是广度来说，都达到了空前未有的高度。这意味着当时期内政策上的僵化和制度上的缺失使得这个曾经辉煌的大帝国开始走向衰败。
土木堡之变，那一刻开始，对后世产生了一系列连锁反应!西方世界正在崛起，其军事技术与组织结构不断进步；东方世界，如我国则陷入内部矛盾和混乱，加速其发展落后的步伐。
总结起来，《土木堡之变》的意义并不仅仅是在于探讨那一年的具体事件，它更深层地反映了当时社会文化背景以及对于未来中华民族乃至亚洲乃至全球性的重大影响！
