明朝鼎盛时期的疆域面积，在永乐年间达到了接近1000万平方公里的规模，但到了明朝后期，明朝对疆域的控制力显著减弱，导致失去了一些领土。尽管明朝军事力量并不弱，却被周边一些小国所侵占，这主要是由于内部政治问题。下面将简要介绍当时的情况以及原因。
新疆自唐朝以来就未有中原王朝统治，其长时间混战状态影响了整个西北地区。在明初，大明曾有部分西部领土，但哈密等地仍处于动荡之中。"封疆之狱"事件标志着明对新疆部分地区控制的一个转折点。
嘉靖初年，吐鲁番多次进攻肃州等地，此时内阁大礼议争端激化，一场“封疆之狱”爆发，被革职的官员有四十余人。此后世宗朱厚熜起用王琼，并提拔王宪参与军机讨论。而那些通过“封疆之狱”晋升高位的人，对吐鲁番问题缺乏兴趣。在嘉靖八年，明廷放弃了之前恢复哈密的政策，将其视若无睹。
然而哈密至关重要，如三边总督王越所言：“若不规复哈密，那苦峪难以防守。”詹事府詹事霍韬也认为：“保住哈密是为了保甘肃，而保护甘肃则是为了守陕西。”
嘉靖中期许论批评前述议和政策，但认识到如今收复困难。他指出两难题：首先、人口稀少；其次、缺乏像他父亲那样能深入哈密的人物。此外，他还列出了四个理由说明急于收复不必要：
一、战略位置已非昔日重要;
二、新居民与故乡兴趣淡漠;
三、敌人失去了勒索筹码;
四、关西部落破败，不需恢复原貌。
这些理由导致半个世纪动荡后的甘肃等地被忽视。但奇怪的是，从此之后，这些地方进入了一段相对稳定的局势。
吐鲁番崛起反映了 明西域政策失败，但同时帮助抵挡更强势力的入侵。历史常让人捉摸不透，如同吐鲁番虽敌对但偶尔向清朝贡品并获得主导权直到衰落为止。
总结来说， 明对外策略极为保守，不建立都护府而只间接管理至嘉峪关，其影响力仅及哈密等地，使得伊斯兰化程度增加佛教影响减退经济交流有限且丝绸之路作用受限。而这一切，可以在“封疆之狱”中找到原因。当时官员经历洗牌，又借助边境问题发起另一轮洗牌，“封疆之狱”结束后内阁遭清洗，以致所有官员几乎全部换新，加上各项政策改变，让原本普通边境冲突成为攻击异己者的武器，最终导致忽视了关于如何处理这类问题的问题和态度变化。
