在万历二年的科举考试中,李三才以卓越的成绩成为进士,并逐步晋升为官。他的勇气和廉洁使他成为抗争税使宦官陈增、鲁保等人横行无忌行为的英雄。他不仅制裁了矿监税使的暴行,还揭露了宦官陈增贪污案件,收回赃款数十万,这一事件赢得了民心。
李三才善于笼络朝中的高级官员,并结交东林党的一些成员,如顾宪成,他深受宪成信任,并试图推荐东林党人的人才入阁。但他的提名遭到了反对者的强烈抵制,最终因政治斗争而辞职。在天启元年后金汗努尔哈赤攻占辽阳后,御史房可壮建议起用李三才为辽东经略,但由于受到阻碍未能实现。三年后,他被任命为南京户部尚书,但未能履职便去世。尽管他家产丰厚达470万两白银,但死后被追论夺封诰,只在崇祯初期复赠官。
值得注意的是,作为北京通州地区商人的总头目,李三才实际上掌控着大运河重要枢纽,对于矿税征收有着直接利益关系,因为这一税种主要针对工商业。此外,由于明代的低额度和少量税种,加上严重兼并现象,使得举人进士及其全家免除土地税和徭役,这也与农民起义以及明末地主阶层责任有关。
然而,也有人认为李三才是一位喜欢无中生有的造谣者,以此博取直谏美名。他曾指责皇帝避开祭天地仪式,是因为腿部疾病,而事实上据定陵发掘显示,万历皇帝确实患有多种疾病。这一情况加剧了人们对于当时医术水平不足、腐败分子操控医学知识的情况批判。