政治腐败与中央集权的僵化
元朝的政治制度虽然以高度的中央集权为特点，但随着时间的推移，官员中的贪污和腐败问题日益严重。明察秋毫的皇帝难寻，地方官吏往往利用手中的权力进行不正当得利，而中央政府则由于缺乏有效监督机制无法及时发现并纠正这些问题。这导致了国家财政不断恶化，同时也削弱了政府对外部威胁的应对能力。更为严重的是，元朝后期出现了一种现象，即“铁帽官庄”，即高级官员可以通过买卖等方式获得土地，这种做法进一步加剧了社会矛盾和贫富差距。
农业生产力的停滞
元朝在征服蒙古、汉族以及其他民族后，确立了一套比较完善的地理行政区划体系，并且实现了一个广泛统一的大市场。但是，这一时期农业技术却没有显著提高。耕作工具、农具等基本设备仍然落后于时代。同时，由于长时间战争和人口迁移带来的土地荒漠化，加上气候变化，对农业生产造成了负面影响。此外，与南宋相比，元朝北方地区受寒冷影响较大，使得粮食产量下降，为国家经济提供了巨大的压力。
经济结构失衡
元朝经济结构呈现出明显失衡的情况。一方面，是因为长期战争消耗大量资源，一方面是商业贸易发展迅速而农业生产力未能跟上，从而形成了一定的物资积累与消费需求之间的矛盾。这使得货币流通过剩，最终导致货币贬值的问题。而且，由于地主阶级占据优势，他们对于劳动人民进行剥削，使得整个社会中存在着严重的人民疾苦。
社会秩序混乱与民族矛盾激化
在元朝末年，由于军事上的失败和内忧外患，社会秩序开始陷入混乱。各个民族之间关系紧张，加之汉人对于蒙古统治者的一系列不满情绪，如被排斥在政治、文化生活中，以及受到屠杀事件（如1328年的汴京屠城）的深刻记忆，都成为反抗运动的一个重要根源。而这些反抗活动最终促成了明王室建立新政权。
外患与内部瓦解共同作用
从1367年至1388年间，大批农民起义如红巾军、白莲教等爆发，其中许多都具有强烈反封建性质。在这场持续多年的内战中，大量士兵投靠起义军或逃离到边远地区自卫组织成小规模武装集团。而此时，又有黑死病这种自然灾害发生，它进一步削弱了已经疲惫不堪的人口基础。此外，不断来自东北亚诸国（如金国）的进攻，也给予其最后一击，最终导致这个曾经辉煌帝国崩溃。
