在万历四十三年五月初四日酉时,一个意外的事件发生了:不速之客张差闯入慈庆宫,手持枣木梃打伤几个晒太阳的老宦官。随后,负责主审此案的胡士相、劳永嘉等人经过几天的审理,在五月初十日准备将张差依据“拟依宫殿前射箭、放弹、投石伤人律”斩决。
然而,这起案件并没有像预期那样简单地解决。王之寀擅自在牢中审问张差,并得到了张差是受人指使才闯入慈庆宫的口供。一份抄录口供被上呈明神宗,一份交由各主审官传阅。这引发了大明朝堂上的强烈震动,再次进行梃击案的再审。在三党成员和东林党人的阻挠下,张差断断续续供出了“李外父、马三舅从中牵线,庞姓宦官、刘姓宦官授意”的详细案情。
随着更多证据浮出水面,即将揭露郑贵妃幕后的黑手身份,但最终却没有任何结果。事实上,从万历四十二年的刺杀事件来看,可以推测郑贵妃极有可能是那起刺杀案幕后黑手,而万历四十三年的梃击案则可能另有其它幕后黑手。而东林党成为嫌疑最大势力,却未能将其指向郑贵妃,而是陷入僵局。
面对僵局,明神宗终于主动出击,将问题转给内阁辅臣吴道南咨询。此时孙承宗代表东林党给出了表态:“事关东宫,不可不问;事连(郑)贵妃,不可深问。”这意味着东林党已放弃追查真正幕后黑手,只要用三个牺牲品来结案即可,因此,最终关于梃击案幕后黑手的人物成了历史的一个谜团,被不了了之。