继承制度的不合理
元朝建立之初，忽必烈采纳了蒙古人的继承制，即皇帝死后，由其子或兄弟中的长者继位，这一制度在最初确保了政权的稳定和统治阶层内部的人口流动。然而随着时间的推移，这一制度逐渐演变成了一种固化权力的传递方式，使得皇室成员之间缺乏激烈竞争，从而导致了能力上的懒惰和效率低下。此外，长期下来，许多皇帝出生于宦官家庭或者是由宦官辅导长大的，他们缺乏实战经验和政治手腕，对国家大事处理不当。
宫廷斗争与宦官专权
元朝中期以后，由于忽必烈之后的一系列君主年幼无能或身受疾病困扰，加上宫廷斗争不断，上层社会出现了一批强势宦官，他们通过掌控内阁、控制兵马等手段，逐步形成了自己的势力集团。这些宦官往往为了个人利益而操纵朝政，不断地削弱中央集权，并且对民众进行苛捐杂税，以此来巩固自己的经济基础。这也导致了政府机构腐败严重，无力有效管理国家事务。
经济问题与农业衰退
元朝晚期，由于连年的战争、自然灾害以及内部政治混乱，经济形势急剧恶化。农田荒废、土地被侵占，是时任政府无法有效解决的问题之一。而另一方面，与汉族及其他少数民族间存在着深刻的民族矛盾。在一些地区，如四川、云南等地，一些地方军阀利用民族矛盾分裂国家力量，最终加速了元朝统治区的解体。
军队改革失败
为了应对外部威胁和维护国内秩序，元世祖忽必烈曾尝试改革军队结构，将原来以骑兵为主的小型精锐部队改造成更加庞大的步兵主导的大规模军队。但这一改革并未得到预期效果，因为新设立的大量步兵需要大量粮食供应，而这又增加了财政负担。此外，在实际作战中，大批士卒难以保持战斗效率，更常见的是因饥饿而逃跑的情况，因此这种模式并不适合多样的战争环境。
中央集权衰弱
随着时间的推移，中央集权体系日渐松弛，不仅因为各个地方领袖自行扩张其影响力，还因为中央政府自身组织能力不足无法有效调动资源到需要的地方。这种情况使得地方豪强能够几乎独立自主地支配他们的地盘，这种局面进一步削弱了中央政府对于整个帝国范围内的事务管理能力，从而加剧了国家分裂趋向。
文化交流减少与科技落后
由于持续不断的内忧外患，以及对周边文化交流减少，对科学技术发展态度消极，使得中国在科技领域迅速落后于欧洲等国。这不仅影响到了生产力的发展，也直接关系到防御力量水平及其它相关领域，如航海探险等前沿技术研究。在这样的背景下，当明清两代崭新的科技文明涌现出来时，其余世界已经远远超越过去几百年来的发展水平，而中国则陷入停滞状态，加速了解体过程。
