政治腐败与官僚体系的衰弱
在明朝后期，政治腐败问题日益严重。官员之间的贪污、欺诈和不作为成为了常态。宦官专权，更是加剧了政治体制的混乱和效率低下。同时，科举制度虽然在早期有助于选拔人才，但随着时间推移，它也逐渐变成了一个门阀贵族垄断的一个工具，而真正有才华的人才无法得到合理发挥。
军事改革失败与边疆防御空虚
明朝自努尔哈赤起兵至清军入关，这一段时期内，多次进行军事改革，但效果甚微。在战争不断的情况下，边疆地区成为清军最容易突破的地方。而且，由于对内政过度投入，对外国情报分析能力不足，使得明朝政府难以及时预见到来自满洲部落的威胁，最终导致了国家安全的大幅降低。
经济困顿与社会动荡
经济上，尽管初期的开采矿产资源给予了经济一定发展，但是长此以往却造成了土地荒废和资源枯竭。农民负担重，加上天灾人祸频繁，如洪水、旱灾等自然灾害，以及蝗虫侵袭等，不断影响农业生产，使得粮食供应紧张，加剧了社会矛盾。此外，从征服蒙古开始，一直持续到晚年的对抗倭寇，大量财富被用于战争，而非国内建设或改善人民生活条件。
文化衰退与学术界分裂
文化层面上，由于长时间以来对儒学教条化以及教育制度不够开放和创新，使得学术界出现了一种死板守旧的情绪。这导致新思想、新观念很难进入主流文化中，同时也限制了科技进步和知识更新速度。此外，当时的一些重要人物如朱舜水提出的“修身齐家治国平天下”这一思想，与当时实际情况脱节，其实质上的保守性更进一步加深了文化危机。
社会结构变化与民族关系紧张
社会结构方面，由于封建地主阶级的地位稳固，他们对于农民征收高额租税，不但增加了农民负担，也激起了一系列反抗运动，如土司叛乱等。而民族关系方面，因为历史原因，对待汉族以外民族（如蒙古、满洲）存在一定程度的心理隔阂，这种心态使得处理这些地区的问题变得更加复杂，并可能导致更多的问题产生。
