一、政治腐败与中央集权的衰弱
元朝自建立以来，虽然在蒙古族领导下取得了辉煌的军事成就，但随着时间的推移，政治体制逐渐走向僵化。皇帝与贵族之间的权力斗争加剧，官员贪污腐败现象普遍存在。中央集权制度下的地方行政管理不够严密，使得地方势力的独立性增强，而这些地方势力往往背离中央政令，这些都是元朝失败的一个重要因素。
二、民族融合政策失效
元朝采取了一系列民族融合政策，如汉化蒙古人和蒙化汉人，以期达到国家统一和文化交流。但是，这种尝试并未能彻底消除各民族间的隔阂。相反，一部分蒙古贵族对汉文化持有敌视态度，他们认为自己是征服者，对待被征服者持有一定程度的心理上压迫感。而另一方面，由于长期生活在非故土环境中，很多汉人也逐渐丧失了自己的传统身份认同，这导致整个社会结构出现裂痕，加剧了民族矛盾。
三、经济问题与资源分配不均
元朝时期，由于战争带来的破坏和人口大量减少，加之农业生产方式落后，其经济基础受到了极大的冲击。土地兼并严重，一些地主控制大量土地而农民则处于剥削状态。这使得农民生产动力大幅下降，从而影响到整个国家的粮食供应。此外，对内陆省份如中国进行的大量开采金银等矿产资源，也导致财政收入集中在少数地区，不利于国库充实。
四、军队改革不足以应对新挑战
随着时间推移，战争模式发生变化，同时面临来自日本及其他邻国不断增长威胁的情况下，元军队无法迅速适应新的战斗方式。一方面，是因为兵役制度过时且难以有效执行；另一方面，是由于士兵训练水平低下，而且缺乏现代武器装备支持，使得抵御外来侵略变得更加困难。
五、自然灾害频发加剧危机
13世纪末至14世纪初，大规模旱灾连续多年引起了饥荒，让原本已经脆弱的人口状况雪上加霜。在这样的背景下，无论是政府还是普通百姓，都难以维持正常生活，更别提从事农业生产或进行商业活动。此外，此期间还发生过多次地震等自然灾害，它们进一步破坏了社会秩序，并增加了人民负担，为帝国最终灭亡埋上了伏笔。
六、本土抗拒运动日益高涨
随着上述诸多因素共同作用，本土民族对于异质统治者的反抗情绪日益增长。当局虽然采取了一些措施如设立“察罕”（即察言观色）来安抚民心，但这些措施并不足以根除深层次的问题。在此背景下，本土领袖如朱棣（明太祖）利用各种机会，最终成功发动起义，最终结束了 元朝的一段历史，将其更换为明朝开始一个新的历史篇章。
