一、统治结构的腐败与衰弱
元朝自忽必烈建立以来，逐渐形成了严密的中央集权体系。然而，随着时间的推移，这种制度也开始显露出其内在的缺陷。皇帝越来越多地依赖于宦官和外戚，他们通过掌握宫廷中的关键职位来操控政治局势，对国家事务产生重大影响。此外，地方豪强对中央政府失去了信任，他们利用自己的军事力量干预中央政权，从而削弱了国家的整体统治能力。
二、经济问题与社会矛盾
元朝时期，由于长期战争和频繁征税等因素，经济形势日益恶化。农民负担重重，被迫逃荒或投身于盗匪之中，而商业活动也受到了抑制。这不仅导致了社会矛盾激化，也使得政府在维持秩序方面遇到极大的困难。此外，一些地区出现了明显的人口流动现象，如蒙古族人向南迁徙，以至于改变了当地人口结构，这也是元朝灭亡的一个重要原因。
三、民族关系紧张与边疆防御不足
元朝是一个由不同民族构成的大帝国，其内部存在着复杂的民族关系。在蒙古人的统治下，一些少数民族如汉族受到了一定程度上的压迫，这种状况加剧了彼此间的冲突。而边疆防御问题同样是个大问题，因为要同时抵御来自西方各国如帖木儿王国以及东北诸部落（如女真）的威胁需要巨大的物质和人力资源，但实际上却因为财政短缺而无法得到充分保障。
四、大规模自然灾害与疫病侵袭
正当蒙古帝国巅峰时期，它遭遇了一系列自然灾害和疫病爆发，如1338年至1342年的“黑死病”爆发，是历史上最为严重的一次瘟疫，该事件直接导致大量人口死亡，对农业生产造成毁灭性打击，从而进一步加剧了经济危机，加速了整个帝国走向衰败。
五、高层领导力的变动无常
元代末年，高层领导人的变动频繁，没有稳定的政治环境，使得政策执行者无法稳定下来，因此无法有效解决国家面临的问题。此外，由于皇帝对于宦官及其他权贵过度依赖，使得真正有能力的人才没有机会接近决策中心，从而限制了解决问题的手段。这一切都为后来的灭亡埋下伏笔。
