王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。然而，这一年既充满了决定性事件，又可能被视为平淡无奇，甚至有些事物似乎没有足够的重要性，但它却是明朝历史上一个极其重要的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家过度赋税，而在于法律和政府效能低下。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了顶峰，而他写作《万历十五年的目的也是为了证明这一观点。
在万历年间的大臣中，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都各有特色，都试图改革，但最终都以悲剧收场。连皇帝自己，在这种文官集团体制下，只能做出无为而治。在这样的体系中，每个人都是局部的小花朵，却无法形成整体的繁荣与昌盛。一群文官为了维护自己的集团利益，让国家武备停滞，科技革新缓慢商业发展受阻。他们对这个国家来说，无疑是一次不幸的开始。而文官与宦官之间权力的斗争，更是导致大明王朝衰败。
历史上，万历十五年看似平凡，却隐藏着许多容易忽略的事象，它们看似微不足道，但其实是前因后果，是将要引发更大波澜的种子。这份关系错综复杂，就是历史学家所追寻之处。在《万历十五年》一书中，通过对几个关键人物的描述，我们看到这个帝国灭亡前的悲剧命运，最终这些帝王将相只能望洋兴叹。
黄仁宇批评道德不能取代技术，更不能取代法律，他认为明朝特征之一是在于依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透了帝国的一切，从强度到广度，都达到了前所未有的水平。
从那刻起，即使是普通人也可以感受到中国与西方之间日益扩大的差距。西方强国正在崛起，而东方伟大帝国则逐渐走向衰落。这是一个巨大的分水岭，不仅标志着文化上的分野，也预示着未来世界秩序的大变动。
