在明朝的几代统治者中，都司卫所扮演了重要的角色。这些机构最初名为都司和行都卫，后来在洪武八年被更改为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），最终在宣德年间得到固定下来。
明朝全国共有十六个都司、五个行都司和两个留守 司。在十三个布政使府设立的地区，都有一处都是设有一个独特的军事长官——备称为“指挥使”，与布政使共同驻扎于一城之内。各地主要的一些设立地点包括山东、浙江、江西、福建、湖广等。
除了这些常规设置外，还有一些特殊的机构，如大宁都不 司原先位于大宁卫，但在永乐元年移至保定府；辽东不 料原本驻扎于定辽中卫；万全不 料则位于宣府左卫；奴儿干都不 料则位于特林。此外，行不 料则分布于边境海疆区域，不置省城内，并辅助本省所有其他机构管理一部分防御设施。
洪武十四年，朱元璋又设置了中 都留守司以专门保护皇陵，而嘉靖十八年，又增加了兴 都留守 司以保护显陵。这些留守所负责的是皇家陵墓及其周围地区的安全，而非一般性的军事任务。
从根本上说，这些机构是明朝地方最高级别的军事力量，其职责涉及到各地的大量卫所管理工作。这意味着它们直接向京师五军总督府汇报，同时也负责当地民众生活的问题。随着时间推移，这种分离出现在单一军区管辖下的民众生活问题逐渐转变成一种行政组织形式。在一些实土卫所中，由于人口众多且土地丰富，它们还承担起了农耕生产活动，以保证士兵能够获得足够的人力物力支持。而另一方面，无实土的地方，则完全依赖中央供给其需要。
《明史-地理志》记载，在十六个都不 料中的绝大多数属于实土，只有少数没有。而对于五个不 料来说，大多数没有实土，只有陕西和四川两处拥有少量实土。大宁 不 料最初时期曾经具有大量土地资源，但迁往保定之后就失去了这份资源。而剩余部分由于屯田制度废弛，最终导致许多士兵沦为了私人佃农，从而破坏了原本完善系统，使得到末年的时候，尽管纸面上存在大量人员，却已经无法发挥任何实际作用来维护国家稳定或抵抗外敌侵袭。
