在历史的长河中，明朝的都司卫所扮演着重要角色，这种军事机构源于洪武初年，当时称为都司、行都卫。随着时间的推移，名称有了变化，最终定名为都指挥使司和行都指挥使司。在明朝期间，全中国共设十六个都司和五个行都司，每个布政使司下辖一个，都与布政使并驻一城。
山东、浙江、江西、福建等地的都司分别治理济南府、杭州府、南昌府、福州府。而湖广、大宁、大宁之遷保定、大宁之遷保定后的万全等地则分别治理武昌府和宣德年间迁至保定的大宁府。大宁初期辖境相当于今天的河北长城以北及辽宁西拉木伦河以南地区，而后又移治保定，并扩展至今日的河北省内外长城一线。
辽东的大部分地区则由辽东都 司管理，其管辖范围包括今天的大部分辽宁区域。万全大半实土，永乐元年（1403）从特林迁往宣化，管辖今日河北省内外长城的一线赤城怀来以西及宣化阳原以北地区。奴儿干则设在俄罗斯远东州，与黑龙江乌苏里江松花江到库页岛附近区域相对应。
行都司主要设立在边境海疆，以辅助本省所有士兵管理一部分卫所，如陕西行就位于甘州，有四川湖广云贵五处设置此类机构。留守也存在于皇陵保护上，如安徽凤阳留守负责凤阳八卫，以及嘉靖年间设置兴安留守负责显陵。
这些机构不仅参与防御侵略，还维护国内稳定，但随着屯田制度废弛，它们逐渐失去了其原本功能，最终成为没有实际力量维持国家安全的一个体制。在军事组织上，他们通常是世袭制，也涉足民政工作。当需要调动，将官会被派遣统领出征，而平时他们进行屯田生产训练，不直接联系地方政府。但由于边界上的农耕制度日益废弛，他们不得不介入民政管理。此外，由于这两个职能相互交织，它们转变成一种行政区划形式，即实土卫所。这类机构拥有大量土地用于军事活动，同时也处理一些民生问题。而无实土者，则纯粹是一个军事组织，没有相关土地支撑。此外，在末期，大量纸面人员却缺乏执行力度，使得这些系统无法有效抵御外来侵略或维护内部秩序。
