在明朝初年，洪武帝朱元璋创立了都司卫所，这是一种军事机构，其名称最初为都司和行都卫，后于洪武八年更名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），直至宣德年间才固定下来。明朝全国共有十六个都是、五个行都是，以及二留守司。在十三个布政使司中，每一地设有一处都是，其军事长官被称作都指挥使，与布政使同驻一城。
山东的都是治理济南府，浙江的则治理杭州府，而江西、福建、湖广、山西、陕西等省的都是分别治理南昌府、福州府、武昌府、大同府和西安府。四川的是在成都府，广东的是在广州府，而广西则是桂林市，并且云南是在云南省会昆明地区的大宁都会士辖境相当于今天的河北长城以北与辽宁西拉木伦河以南地区。永乐元年，都士移驻保定。此外，还有辽东、中兴两大宁都会士以及万全都会士等多个地方性的军事机构。
这些地方性军事机构不仅承担着防御边疆侵略任务，也是维护国内稳定的重要力量。而留守 司则专门负责皇陵的守护工作，如中兴留守 司在凤阳负责八卫之务，以保护朱元璋及其家族陵墓。
到了嘉靖时期，由于对当时社会政治状况的考量，此类组织逐渐演变成了一种行政区划形式，它们既包含了军队，又涉及民政管理。这导致了实土卫所与无实土卫所之间的一系列变化，其中部分地区因为拥有大量屯田而成为实土，而另一部分由于人口众多但田地不足，则只能依赖官方供给，不得不承担更多非战斗任务。
然而，这种制度最终因屯田制度废弛而崩溃，最终导致了明朝末年的混乱局面。当时各大将领私自征用农民作为佃农，使得原本旨在维护国家安全和稳定的系统彻底失去了功能，最终无法抵御外患。
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