在明朝建立的初期，洪武年间，一种名为都司卫所的军事机构逐渐形成。这些机构起初被称作都司、行都卫，最终在宣德年间得到了固定下来。明朝下设十六个都司和五个行都司，以及两个留守司，这些机构分布在全国十三个布政使司之中，每一处布政使司都会有一个相应的都 司。
山东、浙江、江西、福建湖广等地的都司分别驻扎于济南府、杭州府、南昌府和福州府；山西及陕西则驻扎于太原府和西安府；四川则驻扎于成都是，而广东及广西则分别驻扎于广州及桂林。此外，大宁与辽东两地各设有独立的都 司，其辖区涵盖了今天河北长城以北至辽宁境内的大片地区。
行都司，则主要设立在边境海疆区域，以辅助本省的管理，并负责一部分卫所的事务。例如，陕西行所有甘州卫为其治所，山西行所有大同府，而福建行所有建宁府。
除了这些主要机构，还有一些特殊的情况，如凤阳附近设置了中都不留守，是专门用来保护皇陵安全的地方。而兴都不留守，则位于湖广承天地方，负责显陵及其周边区域的防护工作。
此外，还有屯田千户所，它们以农牧为主，不仅参与军事训练，也涉足民政事务。在一些未设置州县的地方，由于需要处理更多民政事务，这些军队便同时兼顾行政职能，使得原本纯粹是军事组织变成了混合型组织。
随着时间推移，这些制度逐渐演变，从最初完全由中央控制到后来的地方化。这也反映出明朝早期朱元璋试图通过这种方式来确保国家稳定，但最终由于制度自身的问题，比如屯田制度废弛以及官员滥用权力导致士兵成为他们私人佃农等问题，最终影响了这套体系对国家整体安全带来的积极作用。
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