在万历四十二年,福王朱常洵被封于洛阳,国本之争终于结束。然而,皇太子朱常洛的境遇并未改善,明神宗依然对他不闻不问。万历四十三年五月初四日,一名叫张差的男子闯入慈庆宫,用藏于袖中的枣木梃打伤几个晒太阳的老宦官,这就是著名的梃击案。
经过几天审理,由胡士相等人主审,他们准备将张差斩决,但东林党人王之寀擅自审问张差,并得知张差是受人指使才闯入慈庆宫。王之一份口供呈上明神宗,一份交给主审官传阅。这次口供引发了强烈震动,再审中张差供出了庞姓宦官、刘姓宦官授意,他还说李外父、马三舅牵线。
随着调查深入,郑贵妃被指为幕后黑手,因为她与李外父、马三舅有远亲关系,而她的近侍恰好有庞保和刘成。但奇怪的是,即便如此,也没有让张差当面指证庞保和刘成,而是直接将其处决。
这个选择非常蹊跷,因为如果确定郑贵妃为幕后黑手,将会导致齐楚浙三党和郑贵妃势力的对立,而东林党则可能因此受益最大。如果不是郑贵妃,那么谁是幕后黑手?嫌疑最大的是东林党,但他们却没有提及让张差指证庞保和刘成。
最终,由于缺乏关键证据,案件陷入僵局。一向置身事外的明神宗最后出面询问处理方案,其中一位辅臣建议咨询孙承宗(东林党成员)。孙承宗表示,不必过度追究有关郑贵妃的问题,只需处理庞保等人的问题即可。这意味着东林党放弃了继续追究关于郑贵妃的问题,因此,最终梃击案成了一个不了了之的事宜。