国本之争的历史影响深远，首先导致了皇权事实上的削弱。万历帝不理朝政，以至于最后对内阁、地方官员的缺位现象视而不见，这极大地破坏了晚明正常运行的秩序，并且他大兴敛财之道，派用的矿监、税监为害百姓，激起民变。其次，国本之争是使得明末形成党争重要原因之一。万历帝对于储位模糊态度，使得官场乃至地方的人妄加揣测，政局混乱出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派明争暗斗后又与阉党斗争的局面，为一己私利不惜牺牲国家大义，使得晚明政局混乱不堪，更成为明末三大案诱因，这种局面自然使得政府行政效率下降。
再次，万历帝希望独揽大权，而又放任缺官未补，使内阁势力被削弱；近三十年长居深宫不理朝政时期，由司礼监拥有“批红”的权利，其在特殊情况下的地位自然上升；因对郑贵妃宠爱，此时外戚实力得到发展，而且出现内监以郑贵妃为内主现象。
皇帝怠政昏晕，廷臣党争攻讦，政府机构涣散，此时言官因对朝政不满竞相上疏抨击时政，其实力也得到提高；而地方仕途非衡量人生价值唯一标准出现“山人”群体后，又有东林书院文人关注时政，最终有东林党称号。万历末年的民变乃至最后后金兴起代表地方势力的崛起。在朝臣与万历长达数十年的斗争中言官这一力量以群体性行动维护正统皇位继承原则稳定统治秩序制衡皇权弘扬官僚正气等方面发挥极为重要作用。
"国本之争"决定了 万历以后 明朝走向，是晚明最具影响事件之一，但关于这段历史还存在众多研究者观点分歧，有些依然站在臣僚一边，对郑贵妃评价过于苛刻似乎她天生该安分守己，不应有做皇后的想法；同时认为万历帝应该与王恭妃恩爱，不应真正爱情。这类论断出自僵化保守思想驱使，无疑失公允，将难辨易错的历史再蒙上一层难以识别的锈迹。
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