自古以来，帝制时代中真正值得称道的好皇帝实属罕见。从秦朝到清朝，开国之君除外，大多数守成之君往往难以令人恭维。原因在于，这些人从小就生活在宫廷深处，没有经历过世俗的磨难和挑战，他们耳边只听得到阿谀奉承的声音，因此养成了刚愎自用、骄奢淫逸的习性。因此，他们很难有效地治理国家，力挽狂澜。

清初历史学家谷应泰对此有着精辟的评论。他说：“人主在襁褓，则有阿姆之臣；稍长，则有戏弄之臣；长大，则有嬖幸之臣；即位，则有面谀之臣。”他认为明孝宗朱祐樘是个例外，因为他恭俭仁明，勤求治理，并且身边有一批高风亮节、敢于直言的大臣。这是因为他努力寻找方正的人才，杜绝了嬖幸门路，不重用外戚和太监，还加强了制度监督。在早朝以外，他增加了一次午朝会议，与大臣密谈，并访问民间疾苦，以寻求治安良策。

孝宗的品质与他的这些做法紧密相关。他在太子时期受到了博学多才的人如程敏政、刘健等人的影响，从而形成了“仁孝恭俭”的品格。而当他即位后，他依然不离书卷，一心阅读《孝经》、《尚书》、《朱熹家礼》、《大明律》，凡事疑问立即请教儒士和法吏。不奇怪乎人们称赞他是遵循儒家伦理规范最为严格的一位皇帝。

然而，在这段时间里，也出现了一些问题，比如万安这个内阁大学士，他只会高声喊叫“万岁”，被人讥讽为“万岁阁老”。他的升迁方式是巴结万贵妃及其兄弟，以及李孜省这样的人物，与他们勾结，使得朝政紊乱。随着一份文件被发现，上面都署名为“臣安进”——这是万安撰写的奏折，每一项都是向皇帝推荐一些奇异药方。当时发生这样的事情后，有言官上疏要求调查处理。此事导致万安失去职务。

另外还有尹直这样的内阁大学士，他也被罢免。尹直曾与刘吉一起，被指控帮助佞幸势力获得权力，而刘吉虽然屡遭弹劾，但依然能够继续发挥作用，这引起了许多人的不满，最终导致他的下台。

为了清除这些宵小人物并起用德高望重的大臣，孝宗采纳了司礼监太监怀恩提出的建议，即召回已经致仕的南京兵部尚书王恕，让他负责领导班子的调整工作。在成化年间，就因其敢于直言极谏而闻名的大臣王恕，被推崇为两京十二部独一无二的人物。当时甚至流传出民谣：“两京十二部，只有一王恕。”

然而，由于好直言，大部分时候王恕都无法得到正式的地位。不过，当慧眼识人的丘浚成为吏部尚书后，对此表示出了支持。在弘治元年（1488），丘浚提出每天下午召见大臣进行讨论，以便更好地了解他们以及国家的情况。这一建议得到了孝宗的采纳，从此开始每天举行两次接见大会，大幅度地提高了政府效率和决策质量。

丘浚本是一介文人，因其博学多才而受到尊敬。他曾参与编纂《宪宗实录》，并任命为礼部尚书兼文渊阁大学士，为内阁提供重要咨询服务。此外，他还提出了二十二条关于如何改善国家情况的问题，其中包括端正自身作为立国基础、节约开支等问题，这些意见深刻触及当时社会的问题，并受到广泛认可。

尽管如此，有趣的是，在宫廷中存在一种猜忌的情绪：丘浚和王恕这两位皇帝倾心信赖的大臣之间存在矛盾。一场宴会上的座次排列争议暴露了这种矛盾，最终导致两人关系恶化至不可调和的地步。当丘浚去世时，其生前所作的一切都被公认为是功绩。但同时也有人指出他的弱点，如议论过头激昂，有时候会忽视实际情况的事实表现出来。在宫廷政治中，这种偏激行为常常造成分裂，使得原本应该协同合作的地方变得充满敌意与猜疑。