南明建立之初，东厂总管朱由检被推为皇帝，是为弘光帝。弘光帝即位后，采取了一系列改革措施，如清除阉官、减轻赋税等，以期恢复国家经济和政治秩序。但是，由于内部矛盾激化，加上外部压力，弘光政权很快崩溃。
随着弘光政权的灭亡，一时间四方争夺江山。其中，最终在福建登基的是一个名叫朱聿键的皇族成员，他自称绍武帝。绍武帝在位期间试图整顿吏治，但他的统治基础薄弱，无法抵御各路军阀的侵扰，最终也被迫逃往海外。
在绍武政权倒台后，又有一位名叫朱由枢的皇族成员宣布自己为天命继承人，即成为永历帝。在永历年间，南明中央政府虽然设立了较为完善的行政系统，但由于兵力不足和财政困难，其对抗清军仍然十分艰难。最终，在崇祯十六年（1643年），永历帝被清军俘虏，并送至北京作为俘虏。
永历遭逮后的消息传出后，不少忠于南明理想的人士依然坚持不懈地进行反抗活动，其中著名的一支是罗汝才领导的小西洋行、李定国所部及郑成功领导的大陆联军，他们分别在云贵一带与广东一带展开了长达数十年的抗击清廷斗争。
除了这些主要力量，还有许多地方性的起义和游击战，也纷纷响应永历尊号，有的地方甚至成立自己的小型政权。这场规模巨大的民族解放战争虽然最终以失败告终，但其精神鼓舞了后世，对于中国近代史乃至现代史都产生了深远影响。
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