起因
在张居正主政的万历九年（1581年），明神宗偶然宠幸宫女王氏，王氏受孕后，太后询问皇帝。皇帝起先不承认是他的作为，太后命人取《内起居注》查看，至此皇帝方勉强承认。王氏被封为恭妃，当时宫中称宫女为“都人”，明神宗因此称朱常洛为“都人子”，不喜欢他。
明神宗嫔妃众多，其中最宠爱郑氏，被封为淑妃、德妃生下朱常洵。有流言说明神宗与郑贵妃曾到高玄殿祷神盟誓，相约立朱常洵为太子，并将密誓御书封缄在玉匣内，由郑贵妃保管。
朝臣拥护朱常洛
大臣受到流言影响，上疏建议尽早册立皇长子朱常洛为太子，以破除流言。大臣如申时行、姜应麟、沈璟等人纷纷殊请册立东宫，但遭到明神宗的拒绝和处罚。在万历十八年（1590年）集体要求册立，并且杜门请辞，大臣们向明神宗施加压力。
三王并封之礼
万历二十一年（1593年）年正月，加快了改立进程，将皇长子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一并封王，以后再择其中善者为太子。但这次行动引发了更大的争议，因为它质疑了朱常洛做太子的合法性，最终被收回。
立常洛为太子
在慈圣皇太后的干预下，以及首辅沈一贯的劝进下，明神宗终于在万历二十九年（1601年）让步，立虚龄已二十的皇长子朱常 洛 为 太 子，而其他三个儿子的身份也得到了确认。此事前后纷争凡十五年之久，对于这个过程产生深远影响，也使得万历对政事更加心灰意冷，从而导致了“万历怠政”。
影响
国本之争是 明 朝 后 期 万 利 年 间 的 大 事，对 明 朝 政治产生了深刻影响，使得党派斗争更加激烈，最终促成了 明 朝 灭亡。而此事件也是民间对于权力斗争和政治变动的一种反映，让人们认识到权力的重要性和可变性。
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