国本之争的深远影响，首先体现在皇权事实上的削弱。明神宗不理朝政，导致内阁、地方官员缺位，这极大地破坏了晚明的正常运作，并通过敛财手段，如派遣矿监、税监，对百姓造成巨大苦难，从而激发民变。这次争斗还促成了明末党争的一个重要原因，即对储位模糊态度引起了官场和地方上的人们猜测，政局因此更加混乱。
此外，这场争议是政府行政效率下降的诱因之一。由于明神宗希望独揽大权，但又放任缺官不补，使得内阁势力被削弱；长时间居于深宫，不理朝政的情况下，司礼监的地位自然提高；同时，由于对郑贵妃的宠爱，外戚力量得到发展，同时出现内监以郑贵妃为内主的情况。
皇帝怠政昏晕，而廷臣之间不断进行攻讦与斗争，加剧了政府机构涣散现象。此时言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，其实力也随之提升；地方上仕途不再是衡量人生价值唯一标准，一些“山人”群体崭露头角，最终有东林书院兴起，有文人关注时事并形成东林党。
在长达数十年的斗争中，言官作为一个重要力量，以群体性的行动维护正统皇位继承原则、稳定统治秩序以及弘扬官僚正气发挥极其重要作用。“国本之争”，决定了万历以后明朝走向，为晚明三大案提供了一系列诱因，加剧了党爭形成，对后来的灭亡产生重大影响，是晚明最具影响力的事件之一。
然而，在这场历史主题上，有许多研究者仍站在万历一朝臣僚一边，对郑皇贵妃持否定态度，看待她如同“祸水”。这些观点出自一种僵化保守思想，没有给予公正评价，无疑在已分明的历史上加了一层难以辨认的锈迹。
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