国本之争的深远影响：皇权下降、党争激化与社会动荡
国本之争不仅对万历时期产生了重大影响，首先是导致皇权事实上大幅度下降。明神宗长期不理朝政，使得内阁和地方官员缺位，这种情况严重破坏了晚明政局的正常运作。同时，他大兴敛财措施，派遣矿监和税监，对百姓造成极大的负担，从而引发民变。这一系列事件削弱了皇帝的统治力，并加剧了社会矛盾。
其次，国本之争是形成晚明党争的一个重要因素之一。由于明神宗对于储位的模糊态度，加剧了官场和地方上的猜测和斗争。在这种混乱的情况下，不断出现五大党派之间以及东林党与阉党之间的公开或秘密斗争，这些都成为后来的政治案件所必然发生的一部分。此外，这种局面也导致政府行政效率的大幅下降。
再者，明神宗希望独揽大权，但又放任缺官现象未能得到解决，因此内阁势力遭到了削弱。而司礼监在特殊时期的地位得以提升，因为他们拥有批准奏章（红条）的权利。此外，由于郑贵妃的地位提高，一方面使得外戚势力的实力增强；另一方面，也出现了一种内部监察系统，即由郑贵妃作为主导的人马。
随着时间推移，无论是廷臣还是言官，他们因为对朝政不满而不断地上疏抨击当下的时政，这进一步加强了言官这一力量。在地方上，“山人”群体开始崛起，而文人关注时政，最终有了一批称为“东林书院”的知识分子，他们参与政治并逐渐形成东林党。这一过程中，万历末年的民变乃至最后后金入侵，都反映出地方势力的崛起。
在这漫长多年的朝臣与皇帝间的斗争中，言官通过集体行动来维护正统继承原则、稳定国家秩序，以及弘扬官方正气等方面发挥出了巨大的作用。总结来说，“国本之争”决定了万历之后中国历史走向，是晚明三大案件诱因之一，同时也加剧了晚明政治中的互相攻讦，从某种程度上促进了解散落去的是中国古代王朝最终灭亡的一系列事件。此事件无疑是中国历史上的一个转折点，其影响深远且广泛，被视为晚清最具冲击性的事件之一。
